A projekt szervezési szakasza a tervezés és a kivitelezés között természetesen a projekt eredményes végrehajtását szolgálja. Elsősorban a következő részfeladatokat, elemeket tartalmazhatja:

• A projekt tényleges kivitelezését, az effektív munkát megelőző tájékozódást (ha a projektfeladat ezt igényli). Sok, de nem minden esetben válik szükségessé, hogy a tanulók, csoportjaik már a projekt tényleges végrehajtását megelőzően tanórán kívüli tevékenység keretében tájékozódjanak vállalt feladataikhoz kapcsolódóan. Könyvtári munka, internetes kutakodás, intézményektől információk gyűjtése, interjúk készítése, megfelelő információkkal rendelkező emberekkel való beszélgetés, és még számtalan más információgyűjtési módszer tartozhat ide.
• A szervezés során kell felvennünk a kapcsolatot azokkal az iskolán kívüli emberekkel, szervezetekkel, hivatalokkal stb., akik, amelyek szerepet kapnak majd a projekt lebonyolítása során. E munkát is a tanulók kiscsoportjai végezhetik, de természetesen adott esetben szükség lehet a pedagógusok segítségére is.
• Sok projekt esetén indokolt a szülők beavatása, sőt, bevonása a feladatok végzésébe. Szülői értekezleten elmondott tájékoztatóval, egy levél megfogalmazásával, s még sok más módszerrel végezhetjük ezt a feladatot.
• Elő kell készíteni a projekt lebonyolítása során használandó eszközöket is. Vásárlásra, az iskolán belül már meglévő eszközök megkeresésére és előkészítésére, eszközök saját munkával való elkészítésére lehet szükség, attól függően, hogy a tanulók kiscsoportjai milyen feladatokat vállaltak.