Az Oktatási Minisztérium a minőségfejlesztési program megvalósítása során a legfontosabb értéknek a folyamatos párbeszédet, a széleskörű konszenzuskeresést és az oktatásban érdekelt partnerek véleményére való nyitottságot tartja.

A programot elindító Oktatási Minisztérium vezetése tudatában van annak, hogy a minőségfejlesztés gyakorlatának elterjesztése lassú építkezéssel megvalósítható cél, melyet hosszú távú segítő-támogató programmal, szakmailag megalapozott eszközrendszerrel, pályázatokkal, széles szakértői háttérrel és kormányzati ciklusokon átívelő politikai konszenzussal lehet csak megvalósítani. Ennek érdekében a program építeni kíván a meglévő hazai gyakorlat eredményeire, a nemzetközi szakmai tapasztalatokra, és figyelembe veszi az Európai Unió elvárásait.

A minőségfejlesztési tevékenység terjedésének alapfeltétele az önkéntesség és a türelmes, az intézményi különbözőségeket, eltérő intézményi kultúrákat és a felzárkózás igényét egyaránt figyelembe vevő megközelítés, mely a program megvalósításának vezérlőelve.

Mivel a COMENIUS 2000 közoktatási minőségfejlesztési program közpénzek felhasználásával kívánja elérni céljait, példát kell mutatnia a hatékony forrásfelhasználásra, valamint a saját célok elérésének folyamatos értékelésére is. Ennek elősegítésére a program épít a minőségfejlesztésben érdekelt partnerek támogató részvételére, javaslataira, és a programba bekapcsolódó szolgáltatók előminősítésével megalapozott szakmai szolgáltatói hátteret biztosít az intézmények és a fenntartóik számára.